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一般用mRNA反转录地方法得到cDNA
或者从文库里直接得到cDNA
之后用PCR就可以扩增 克隆
cDNA克隆是以mRNA为原材料,经体外反转录合成互补的DNA(cDNA) ,再与载体DNA分子连接引入寄主细胞。每一cDNA反映一种mRNA的结构,cDNA克隆的分布也反映了mRNA的分布 。特点是:
①有些生物,如RNA病毒没有DNA ,只能用cDNA克隆;
②cDNA克隆易筛选,因为cDNA库中不包含非结构基因的克隆,而且每一cDNA克隆只含一个mRNA的信息;
③cDNA能在细菌中表达。cDNA仅代表某一发育阶段表达出来的遗传信息 ,只有基因文库才包含一个生物的完整遗传信息。
1.方法:
(1)DNA片段的制备:常用以下方法获得DNA片段:①用限制性核酸内切酶将高分子量DNA切成一定大小的DNA片段;②用物理方法(如超声波)取得DNA随机片段;③在已知蛋白质的氨基酸顺序情况下,用人工方法合成对应的基因片段;④从mRNA反转录产生cDNA 。
(2)载体DNA的选择:
①质粒:质粒是细菌染色体外遗传因子,DNA呈环状 ,大小为1-200千碱基对(kb)。在细胞中以游离超螺旋状存在,很容易制备。质粒DNA可通过转化引入寄主菌 。在细胞中有两种状态,一是“紧密型 ”;二是“松驰型”。此外还应具有分子量小,易转化 ,有一至多个选择标记的特点。质粒型载体一般只能携带10kb以下的DNA片段,适用于构建原核生物基因文库,cDNA库和次级克隆 。
②噬菌体DNA:常用的λ噬菌体的DNA是双链 ,长约49kb,约含50个基因,其中50%的基因对噬菌体的生长和裂解寄主菌是必需的 ,分布在噬菌体DNA两端。中间是非必需区,进行改造后组建一系列具有不同特点的载体分子。λ载体系统最适用于构建真核生物基因文库和cDNA库 。
M13噬菌体是一种独特的载体系统,它只能侵袭具有F基因的大肠杆菌 ,但不裂解寄主菌。M13DNA(RF)在寄主菌内是双链环状分子,象质粒一样自主制复,制备方法同质粒。寄主菌可分泌含单链DNA的M13噬菌体 ,又能方便地制备单链DNA,用于DNA顺序分析、定点突变和核酸杂交。
③拷斯(Cos)质粒:是一类带有噬菌体DNA粘性末端顺序的质粒DNA分子 。是噬菌体-质粒混合物。此类载体分子容量大,可携带45kb的外源DNA片段。也能象一般质粒一样携带小片段DNA,直接转化寄主菌 。这类载体常被用来构建高等生物基因文库。
(3)DNA片段与载体连接:DNA分子与载体分子连接是克隆过程中的重要环节之一 ,方法有:①粘性末端连接,DNA片段两端的互补碱基顺序称之为粘性末端,用同一种限制性内切酶消化DNA可产生相同的粘性末端。在连接酶的作用下可恢复原样 ,有些限制性内切酶虽然识别不同顺序,却能产生相同末端 。②平头末端连接,用物理方法制备的DNA往往是平头末端 ,有些酶也可产生平头末端。平头DNA片段可在某些DNA连接酶作用下连接起来,但连接效率不如粘性末端高;③同聚寡核苷酸末端连接。④人工接头分子连接,在平头DNA片段末端加上一段人工合成的 、具有某一限制性内切酶识别位点的寡核苷酸片段 ,经限制性内切酶作用后就会产生粘性末端 。
连接反应需注意载体DNA与DNA片段的比率。以λ或Cos质粒为载体时,形成线性多连体DNA分子,载体与DNA片段的比率高些为佳。以质粒为载体时 ,形成环状分子,比率常为1∶1 。
(4)引入寄主细胞:常用两种方法:①转化或转染,方法是将重组质粒DNA或噬菌体DNA(M13)与氯化钙处理过的宿主细胞混合置于冰上,待DNA被吸收后铺在平板培养基上 ,再根据实验设计使用选择性培养基筛选重组子,通常重组分子的转化效率比非重组DNA低,原因是连接效率不高 ,有许多DNA分子无转化能力,而且重组后的DNA分子比原载体DNA分子大,转化困难。②转导 ,病毒类侵染宿主菌的过程称为转导,一般转导的效率比转化高。
1,到genebank里面找到几个近缘种的该基因序列 ,用序列软件(例如DNAMAN)比对一下,在相对保守的区域设计成对引物。
2,查阅一些文献 ,看要克隆的该基因在哪种组织里面表达量高 。然后提取该组织或部位的RNA,反转录成CDNA。以CDNA作为模板进行PCR。
3,跑电泳,若有单一且大小接近的条带 ,切胶回收 。
4,连接入质粒载体,送测序公司或自己测序 ,与近缘种内该基因比对后,便可确定该物种的该基因序列。
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